El script:
SELECT CONCAT('ALTER TABLE `',table_schema,'`.'
,table_name,' ENGINE=InnoDB;') InnoDBConversionSQL FROM information_schema.tables
WHERE engine='MyISAM' AND table_schema NOT IN ('information_schema','mysql','performance_schema')
ORDER BY (data_length+index_length);
Si quereis ver el tamaño de cada tabla antes de ejecutarlo:
SELECT CONCAT('ALTER TABLE `',table_schema,'`.'
,table_name,' ENGINE=InnoDB;') InnoDBConversionSQL
, data_length+index_length FROM information_schema.tables
WHERE engine='MyISAM' AND table_schema NOT IN ('information_schema','mysql','performance_schema')
ORDER BY (data_length+index_length);
Recomiendo siempre empezar por las primeras tablas (más pequeñas) e ir subiendo, hasta que veamos que el proceso tarda demasiado.